«Могила светлячков» — это не военная драма. Это хроника тихого конца мира, увиденного глазами двух детей, которые просто хотели выжить и остаться вместе.

Лето 1945 года, Япония. Четырнадцатилетний Сэита и его младшая сестрёнка Сэцуко теряют мать во время авианалета на Кобэ. Их отец служит на флоте, и они остаются одни. Сначала — у тёти, но её жалость быстро сменяется раздражением. Еды не хватает, война всё ближе, и дети становятся обузой. Сэита, гордый и не желающий мириться с унижением, решает уйти. Он забирает Сэцуко и они находят убежище в заброшенном бомбоубежище на окраине города. Для них это не нора, а новый дом. Он обещает сестре, что они будут счастливы. 

Сюжет — это медленное, неумолимое угасание. Фильм не показывает баталий. Он показывает, как война убивает исподволь: через пустые рынки, через рост цен на рис, через равнодушие соседей. Деньги Сэиты заканчиваются. Еды становится всё меньше. Сначала они едят досыта, потом — один раз в день, потом — краденые овощи и улиток. Сэцуко, весёлая и жизнерадостная, постепенно слабеет. Её игры становятся тише, её улыбка — реже. Сэита делает всё, что может: ворует, работает в поле под бомбёжками, отдаёт сестре последнее. Но его силы — силы ребёнка — ничто против машины войны. Их бомбоубежище превращается из домика в склеп.

Финал — это не трагедия, а освобождение. Сэцуко умирает от истощения и болезней. Сэита кремирует её маленькое тело, складывает пепел в ту самую банку из-под конфет, которую она всегда носила с собой, и бродит по опустевшему вокзалу, где их когда-то выгнали. Он умирает в толпе равнодушных людей. Но фильм заканчивается не смертью. Он завершается кадром, где души Сэиты и Сэцуко, чистые и здоровые, снова вместе. Они садятся на скамейку с видом на современный, сияющий ночными огнями Кобэ. Война окончена. Они наконец-то дома и счастливы.